1943 год. Вторая мировая война в самом разгаре, на всех фронтах идут кровопролитные бои. Но хотя нацистская армия еще сильна, ее продвижение замедлилось. Немецкое командование ищет способы исправить положение и находит их в ином измерении. Фашистским оккультистам удалось открыть путь в параллельный мир, где они обнаружили источник темной энергии, получивший название «Черное Солнце». Если Германии удастся использовать силы чужого мира в качестве оружия, ни одна армия Земли не сможет помешать Гитлеру захватить всю планету. Но там, где бессильны целые армии, может преуспеть один человек, если это агент Би Джей Блажкович (B.J. Blazkowicz).
Знакомый герой, некогда сумевший разрушить планы Гиммлера по созданию суперсолдат и остановить воскресшего древнего короля Генриха I, возвращается. В предыдущей игре Return to Castle Wolfenstein он нанес значительный урон нацистской Германии, однако миру вновь нужна его помощь. В роли Блажковича вам предстоит проникнуть в глубокий немецкий тыл, где ученые Рейха готовят страшное оружие на основе «Черного Солнца». Сражаясь в нашем мире и в ином измерении, вы должны предотвратить катастрофу и остановить агрессора.