Прошло полгода с тех пор, как завершилась история "Shinobido: Way of the Ninja". Провинция Утаката вновь охвачена огнем гражданской войны, загадочную роль в которой играет таинственное магическое зеркало. Вам отводится роль юноши по имени Дзэн, в прошлом пережившего предательство и лишившегося крова. Пареньку повезло его приютил клан ниндзя Асука, и тогда Дзэн решил, что непременно станет ниндзя и отправится в рискованное путешествие по пути возмездия