Главный герой игры Рекс, подросток, который, как и почти все живые существа на планете, заражен нанитами микросуществами, превращающими своего хозяина монстра. Этих чудовищ называют E.V.O (Exponentially Variegated Organisms Экспоненциально смешанные организмы). Однако мальчик наделен редкой способностью управлять нанитами, что делает его незаменимым помощником организации Providence, ведущей борьбу со злобными мутантами E.V.O. Вместе с Рексом юным игрокам предстоит дать отпор злодею Ван Клейссу и его приспешникам, вознамерившимся уничтожить Землю.