Действие игры происходите через несколько сотен лет после событий первой части. Главная героиня обнаруживает, что все это время находилась возле разрушенной лаборатории, пребывая в состоянии анабиоза. Ее встречает один из модулей персональностей ГлэДОС, Уитли, который предлагает выбраться на свободу с помощью спасательной капсулы. Но у ГЛэДОС совсем другие планы насчет нашей героини…