Девять месяцев назад Оперативник (Point Man) и его отряд F.E.A.R. получили приказ остановить каннибала-телепата, устроившего кровавую бойню. Оказалось, что чудовище не кто иной, как родной брат Оперативника Пакстон Феттел (Paxton Fettel), которого полностью контролирует их мать Альма Вейд. Эта молодая женщина обладает паранормальными способностями невиданной мощи, страдает сильным психическим расстройством, а потому в бессознательном состоянии была заточена в «Саркофаг». Однако, несмотря на это открытие, Оперативник следует приказу уничтожить Феттела. В результате охоты брата на брата город превратился в руины, почти все бойцы отряда F.E.A.R. погибли. Кроме того, становится ясно, что Альма продолжает влиять на происходящее. Однако хуже всего то, что она вот-вот родит нечто, способное уничтожить весь мир. Каким-то чудом Феттел воскресает. Он отказывается принять сторону Оперативника, но просит его помочь добраться до Альмы. В то же время оставшиеся в живых бойцы отряда F.E.A.R. не оставляют попыток завершить свою миссию.
В этот раз игроков ждет захватывающая и леденящая кровь сюжетная кампания, пройти которую предлагается не только самостоятельно, но и вдвоем. Управлять можно Оперативником генетически усовершенствованным солдатом, наделенным молниеносной реакцией и способностью замедлять время, или же Пакстоном Феттелом существом, обладающим уникальными псионическими способностями.