Второй сезон «Института» начался с трагических событий. Пока Люк пытался раздобыть доказательства преступлений таинственной организации, его друзья оказались в опасности. Подросток все хуже контролировал растущие способности к предвидению, а его решение действовать в одиночку обернулось тяжелыми последствиями для всей группы.
В 1 серии 2 сезона раскрыли, что после побега из учреждения (далее в тексте спойлеры) Люк Эллис (Джо Фриман), Тим Джеймисон (Бен Барнс), Калиша Бенсон (Симона Миллер), Ник Уилхолм (Фионн Лэйрд), Джордж Айлс (Арлен Со) и Венди Галликсон (Ханна Голуэй) скрывались от людей, связанных с «Институтом». Спустя несколько месяцев беглецы обосновались в заброшенном промышленном здании. Тим пытался привлечь внимание журналистов к деятельности организации, однако без убедительных доказательств никто не спешил верить его рассказам.
Главной уликой оставалась флешка, которую экономка Морин Алворсон (Джейн Люк) передала Люку в 1 сезоне (2025). На ней находились материалы о незаконных экспериментах над детьми со сверхспособностями. Устройство оказалось у миссис Сигсби (Мэри-Луиз Паркер), и именно его местонахождение подросток попытался выяснить с помощью новых способностей.
Тем временем дар предвидения Люка становился все сильнее. В одной из сцен он увидел, что женщину с младенцем вот-вот собьет автомобиль, и вмешался, предотвратив аварию. Однако очевидцы сняли произошедшее на телефоны, а запись быстро распространилась в Интернете. После этого скрываться стало гораздо сложнее: внимание к подростку привлекло и тех, кто продолжал охоту на беглецов.

Ситуацию усугубило решение Люка самостоятельно отправиться за флешкой. Он выяснил, что Сигсби пережила разрушение учреждения и по-прежнему владела уликой, после чего покинул убежище, не дожидаясь согласия остальных. Пока подросток добирался до бывшей руководительницы «Института», его друзья остались без защиты.
В отсутствие большей части группы в здание проник неизвестный, представившийся рабочим. Венди заметила угрозу и успела подать условный сигнал, но спастись не смогла. Нападавший выстрелил в нее, а затем вступил в схватку с вернувшимся Тимом. Тот не сумел остановить преступника: мужчина скрылся, а Венди умерла на руках у Джеймисона.
Гибель Венди стала тяжелым ударом для Тима, который после побега фактически взял на себя заботу о подростках. В интервью Radio Times Бен Барнс объяснил, насколько важным для дальнейшей истории окажется это событие:
«Во втором сезоне ставки для него очень высоки. Он стал для этих детей кем-то вроде приемного родителя, а теперь они скрываются и пытаются не попасться. И эта трагедия в первой серии подстегивает его, дает истории новый импульс и определяет путь Тима на протяжении всего сезона».
Параллельно руководство «Института» готовилось восстановить свою сеть. Директор заручился поддержкой технологического миллиардера Нолана Ривза (Альфи Аллен), который собирался использовать искусственный интеллект для работы с предсказаниями людей, обладающих даром предвидения. Таким образом, угроза для Люка и его друзей не исчезла даже после разрушения учреждения в Дюпре.
В финале серии Люк все же добрался до Сигсби и застал ее в автомобиле. Подросток оказался вооружен и получил преимущество в неожиданной встрече с бывшей руководительницей «Института». На этом эпизод завершился, оставив открытым вопрос о том, удастся ли ему заполучить флешку и какую роль в дальнейших событиях сыграет Сигсби.
2 серия 2 сезона «Института» выйдет 15 ноября. Завершится глава на 8 эпизоде 20 декабря. Сериал основан на романе (2019) Стивена Кинга.